狼蛛与红火蚁背后的那群怪物已经被时空安全局的探员们发现了，他们需要进行下一部行动。可是原本被他们解救的南桐城的居民，却成为了所有蚂蚁的目标，他们只能躲起来，以此保全自己。在另一个王腾的带领之下，所有的居民包括赵璐和陈苗苗都暂时获得了安全，而这个王腾对于赵璐也渐渐产生了爱情。另一边，EIPU1的陈羽为了救出自己的家人，与王腾一同来到了南桐城，却被敌人抓了起来。同时，时空安全局派出了EIPU7的陈羽，以及莉迪亚、艾琳娜、普拉萨德、李耀杰和肖恩这一群人前往了EIPU10，为了调查这些怪物的来历，他们动用了上帝的办公室，一直回到了八千年前，可是却一下子落入了敌人的陷阱，被那些怪物利用快子宇宙耗光了能量。

2046年，私家侦探陈羽无意中接触到几起诡异的命案，同时于英国和中国发生，死亡的人物风马牛不相及，伴随的还是超自然的现象。陈羽的英国女友莉迪亚说英国的警方和特工都无法找到案件的真相。陈羽的同学刑警刘凯参与中国案子的侦破，也束手无策而求助于他。当陈羽正在调查这几起怪案时，莉迪亚竟消失了，只留下了“当你找到真相时，我们将在上帝的办公室里相见”这句话。陈羽费劲心机也找不到她在这个世界存在过的任何痕迹。20年以后，科学家陈教授找到了穿越时空的方法。陈羽报名成了第一名志愿者，希望弄清楚发生在20年前的那些不可思议的事情，重见自己的爱人莉迪亚。他和陈教授的助手张天华一起回到了过去。这是人类历史上第一次时空穿越，但是时空的轨迹完全出乎了所有人的意料，也颠覆了陈教授原先的时空理论，出现了更为开阔的平行宇宙世界，一个庞大的“潜行者”组织浮出水面……在联合国的主导下成立了时空安全局，集结了世界上的优秀特工人员以及各门学科和行业的精英。陈教授派陈羽跟特工们一起去调查“潜行者”组织……而在3号宇宙中，陈羽消失的女友莉迪亚竟然又出现了。她究竟是什么人，为什么消失？“潜行者”的阴谋是什么？一对生死恋人的结局又将如何……

潜行者组织被瓦解之后，整个时间线被重置，在新的时间线内，又出现了另一个名叫“狼蛛与红火蚁”的组织。他们比潜行者更加隐秘，利用更匪夷所思的科学技术，几乎就要统治诸多平行宇宙里的所有人类。时空安全局的人再次出动。而另一个平行世界里，离开了时空安全局的侦探陈羽因为与妻子大吵了一架，一气之下离家出走，去了斯洛文尼亚去参加音乐节，却没想到在波斯托伊纳的溶洞里，险些被神秘的“狼蛛与红火蚁”组织给袭击，他们袭击的方式是从嘴里吐出一种神秘的白色物质。时空安全局的特工迪莉娅在混乱中救出了陈羽。陈羽知道自己的妻子也被那种神秘的白色物质感染，成为了“狼蛛与红火蚁”组织的人。

陈羽的英国女友莉迪亚说英国的警方和特工都无法找到案件的真相。陈羽的同学刑警刘凯参与中国案子的侦破，也束手无策而求助于他。当陈羽正在调查这几起怪案时，莉迪亚竟消失了，只留下了“当你找到真相时，我们将在上帝的办公室里相见”这句话。陈羽费劲心机也找不到她在这个世界存在过的任何痕迹。20年以后，科学家陈教授找到了穿越时空的方法。陈羽报名成了第一名志愿者，希望弄清楚发生在20年前的那些不可思议的事情，重见自己的爱人莉迪亚。他和陈教授的助手张天华一起回到了过去。